Kementerian Agama Kabupaten Tambrauw sebagai instansi pusat atau vertikal, hadir sebagai Satuan Kerja (Satker) baru pada 17 Februari 2016, berdasarkan Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 66 Tahun 2015 tentang Pembentukan, Organisasi dan Tata Kerja 33 (Tiga Puluh Tiga) Kantor Kementerian Agama Kabupaten/Kota.

Terkait dengan kehadiran Kantor Kementerian Agama di Kabupaten Tambrauw saat itu, dihadapkan pada dua sisi. Sisi yang pertama adalah bahwa kehadiran Kantor Kementerian Agama telah menjawab harapan dan kerinduan masyarakat di daerah ini. Sebab sudah hampir seiring dengan usia Kabupaten Tambrauw (7 tahun) masyararakat umat beragama telah menantikan pelayanan di bidang pembangunan agama seperti; pendaftaran calon Jemaah Haji, Peristiwa Nikah, dan pelayanan lainnya yang sebelumnya masih dilayani oleh Kantor Kementerian Agama Kabupaten Sorong sebagai kabupaten induk. Namun pada sisi lain saat yang sama, dihadapkan pada keterbatasan dan kendala teknis sehingga berpengaruh terhadap pelayanan masyarakat yang belum terlasana secara optimal.

Sebagai Institusi Pemerintah yang membidangi pembangunan lingkup keagamaaan di wilayah Provinsi Papua Barat Daya, khususnya di Kabupaten Tambrauw maka sangat diharapkan agar dapat melaksanakan tugas pokok dan fungsinya yang mengacu pada visi, misi serta program dan kegiatan yang terarah kepada pelayan prima bagi masyarakat di daerah ini.